W ramach programu inwestycyjnego NATO w latach 2007-2010 realizowano 98 inwestycji na kwotę 1,84 mld zł. Najwyższa Izba Kontroli sprawdziła sześć z nich - ważne pod względem obronności, których łączna wartość we wspomnianym okresie sięgała 20% ogółu wydatków.
Najpoważniejsze zarzuty Izba wysuwa wobec podległemu Ministrowi Obrony Narodowej Zakładowi Inwestycji Organizacji Traktatu Północnoatlantyckiego (ZIOTP). Krajowy inwestor dopuścił się zaniedbań w przygotowaniu i realizacji projektów, nieefektywnie nadzorował poszczególne budowy, nie zatrudnił pracowników posiadających kwalifikacje do wykonywania fachowego nadzoru inwestorskiego.
ZIOTP nie nadzorował działalności inwestorów zastępczych - wyraził zgodę na pobieranie stałego wynagrodzenia bez względu na czas realizacji prac co ograniczyło motywację do terminowego i oszczędnego wykonywania zadań. Co więcej, Zakład nie stosował się do uwag MON, które sygnalizowały nieprawidłowości i rekomendowały ich usunięcie. W przypadku trzech inwestycji ostateczny odbiór sprzętu i wyposażenia - o wartości ponad 19 mln zł - odbywał się bez obecności przedstawicieli Zakładu. Uczynili to oni potem "zza biurka" w Warszawie.
W efekcie zaniedbań ZIOTP opóźnienia w poszczególnych inwestycjach sięgały od 4 do 9 lat. Stwierdzone przez NIK przekroczenia zaplanowanych kosztów były znaczne, a w skrajnym przypadku oznaczały nawet ich podwojenie.
NIK ma także zastrzeżenia do przewlekłego, bo trwającego 28 miesięcy trybu wyłaniania inwestora zastępczego. Brak takiego inwestora opóźnia np. rozpoczęcie prac na lotnisku w Mińsku Mazowieckim. W przypadku 20 zakończonych już projektów nie można też z tego powodu przeprowadzić wymaganej przepisami NATO wspólnej inspekcji odbioru.
NIK negatywnie oceniła budowę składów paliwa i smarów na lotnisku w Malborku, budową składów paliwa i smarów na lotnisku w Poznaniu-Krzesinach, dostarczenie radarów typu Backbone w Zamościu oraz modernizację i rozbudowę składów paliw i smarów w Cybowie. Kontrolerzy pozytywnie ocenili modernizację hangaru na lotnisku w Łasku i budowę posterunku radarowego w Brzoskwini.
