Probierz od 2008 roku związany był z Jagiellonią. Po jego wodzą białostocki klub osiągnął największe sukcesy w swojej historii. Żółto-czerwoni zdobyli Puchar Polski, Super Puchar Polski oraz zajmowali wysokie lokaty w lidze.
Jagiellonia dwukrotnie wystąpiła w europejskich pucharach. W 2010 roku białostoczanie zmierzyli się właśnie z Arisem. W stolicy woj. podlaskiego Grecy wygrali 2:1. Natomiast w Salonikach Jaga przeważała i mogła zwyciężyć. Ostatecznie mecz zakończył się wynikiem 2:2, a Michał Probierz został wyrzucony z ławki rezerwowych. Dodatkowo na stadionie i na ulicach Salonik doszło do starć kibiców.
Probierz odszedł z Jagiellonii latem tego roku po nieudanych meczach w eliminacjach Ligi Europejskiej z Irtyszem Pawłodar. Następnie pracował w ŁKS-ie Łódź, gdzie wyprowadził zespół z ostatniego miejsca na 11. lokatę w tabeli.
