PKP SA dysponuje znaczną liczbą nieruchomości i działek, które po wynajmie lub sprzedaży mogłyby uregulować zadłużenie spółki sięgające 4-5 mld zł. Działania PKP są jednak nieefektywnie i niewystarczające - przeważająca część nieruchomości wciąż pozostaje niewykorzystana. Kolejom nie udało się wydzierżawić ponad 60% powierzchni dworców, zbędnej z punktu widzenia obsługi pasażerów.
Nieruchomości i działki zamiast pomóc spółce w procesie oddłużania, stały się dla niej źródłem dodatkowych kosztów. W latach 2009-2010 koszty utrzymania nieruchomości przeznaczonych na cele komercyjne przewyższyły o ponad 263 mln zł przychody uzyskane z ich zagospodarowania.
Spółka miała problem z komercyjnym zagospodarowywaniem swojego majątku przede wszystkim z powodu nieuregulowanego stanu prawnego części nieruchomości (np. braku prawa do wieczystego użytkowania). Do czasu zakończenia kontroli spółce nie udało się dokończyć trwającej od 4 lat inwentaryzacji mienia. W PKP nie było jednolitych zasad wynajmu nieruchomości. Stwarzało to - poza bałaganem - możliwość do występowania mechanizmów korupcjogennych. Są też przypadki bezumownego korzystania z kolejowych nieruchomości oraz nieskutecznego ściągania czynszów od najemców.
NIK zwraca również uwagę, że w skuteczniejszym wykorzystaniu mienia kolejowego przeszkodą okazywały się sztywne przepisy. Prawo nakazuje stosowanie drogi przetargowej, także w przypadku sprzedaży nieruchomości cieszących się niewielkim zainteresowaniem. W wyniku tego na 1151 przetargów, jedynie w 150 przypadkach w ogóle wpłynęły oferty od potencjalnych nabywców.
PKP SA poniosła też konsekwencje kilkumiliardowego zadłużenia. Koleje nie miały czasem pełnego prawa do dysponowania swoimi nieruchomościami - czasami bardzo atrakcyjnymi z biznesowego punktu widzenia - ponieważ Skarb Państwa ustanowił na nich hipoteki w związku z poręczeniem spłaty kredytów lub wykupem obligacji PKP.
