Obowiązek organizowania regionalnych przewozów autobusowych spoczywa na samorządach terytorialnych, które powinny zapobiegać istnienia przepełnionych lub niezagospodarowanych tras, autobusom w złym stanie technicznym, nierealistycznym rozkładom jazdy. Żaden z kontrolowanych przez NIK urzędów nie poradził sobie z tym zadaniem.
Samorządy wydawały zezwolenia na przewóz pasażerów bez dokonania stosownej analizy rynkowej. Między firmami dochodziło do morderczej konkurencji, która wykluczyła z rynku wielu rzetelnych przewoźników. Ci, którzy przejęli trasy, nie zawsze zapewniali pasażerom odpowiedni komfort i bezpieczeństwo. NIK wskazuje, że samorządy przy wydawaniu firmom licencji i zezwoleń nie zwracały uwagi na brak podstawowych dokumentów, dotyczących zabezpieczeń finansowych czy stanu technicznego pojazdów. Nie weryfikowane były również załączane do wniosków rozkłady jazdy - akceptowano nawet takie, które wymuszały na kierowcach kursowanie z prędkością wyższą niż dozwolona.
Samorządy nie kontrolowały przedsiębiorców zajmujących się przewozami pasażerskimi, a gdy takie kontrole już przeprowadzano, były one pobieżne. Ponad połowa powiatowych samorządów nie eliminowała z rynku przewoźników działających w sposób nieuczciwy. Nawet po otrzymaniu od organów kontroli ruchu drogowego informacji o poważnym naruszeniu warunków licencji, przewoźnikowi nie cofano uprawnień.
Są przypadki wykonywania przewozów pojazdami, które nie były autobusami, a część kursujących autobusów nie spełniała wymogów technicznych. Przewozy bywały niezgodne z rozkładem jazdy lub odbywały się nawet bez niego. Niektórzy przewoźnicy świadczyli usługi bez zezwolenia lub licencji. Nie brakowało sytuacji, w których pobierano od pasażerów nienależne opłaty. Skrajnym przypadkiem były przewozy pojazdami znajdującymi się w tak złym stanie technicznym, że konieczne było zatrzymanie ich dowodów rejestracyjnych. Dotyczyło to co dziesiątego autobusu.
Prawie żaden z samorządów nie egzekwował od przewoźników obowiązku aktualizowania rozkładów jazdy na przystankach, jak i w samych urzędach. W wyniku tego pasażerowie byli pozbawieni rzetelnej informacji, zaś urząd informacji niezbędnej do analizy sytuacji na rynku przewozowym, koniecznej np. do podjęcia decyzji o uruchomieniu nowej linii.
W 75% urzędów marszałkowskich - w tym w Białymstoku - popełniano błędy w rozliczeniach związanych z ustawowymi ulgami do biletów. Dopłaty przekazywano przewoźnikom, którzy nie spełniali warunków określonych w przepisach.
W ocenie NIK większość samorządów nie była przygotowana do organizowania regionalnych przejazdów autobusowych. Pomimo trudności organizacyjnych samorządy nie korzystały z możliwości powierzenia niektórych zadań specjalistycznym firmom zewnętrznym.